Das Stiftungsdatum des Franziskanerklosters ist nicht bekannt. Als um 1236 Abt Albert, Vorsteher des außerhalb der Stadt gelegenen Marienklosters hierhin übertrat, bestand es bereits. Albert war mit seinem Anliegen gescheitert, das Marienkloster in ein Ordenshaus der Zisterzienser umzuwandeln.
Bis 1526 lebten im St. Johanniskloster Mönche, im Zuge der Reformation löste sich der Konvent jedoch auf. Er diente fortan als Armenhaus. Nur 1629 bis 1632 kehrten kurzzeitig Ordensbrüder zurück, danach zogen wieder Bedürftige ein.
Das heutige U-förmige Gebäude entstand nach dem Stadtbrand von 1659. Er hatte auch das Kloster nicht verschont. 1672/1673 erhob sich an gleicher Stelle die dreiflügelige Anlage. Sie wartete mit 60 Zimmern für arme und alte Menschen auf.
Der Fachwerkbau erstreckt sich über zwei Geschosse. Das obere kragt auf profilierten Balkenköpfen vor. Steine unterschiedlichen Formats füllen die Gefache aus, darunter auch Trümmersteine vom Brand 1659. An der heute offenen Nordseite stand früher die Klosterkirche.
Archäologische Grabungen erbrachten den Nachweis, dass die erste Kirche gegen Ende des 14. Jh. durch einen Neubau ersetzt wurde. Ihn zeigen wohl auch die ältesten Stadtansichten. Im Innenhof sind die südliche Mauer und eine Stützpfeilerreihe der einst dreischiffigen Backsteinkirche neu aufgemauert.