Am 26. Mai 1659 brennt plötzlich die Stadt. Die genauen Umstände sind ungeklärt. 36 Menschen sterben, 500 Häuser werden von den Flammen vernichtet. Damit sind zwei Drittel der Stadtfläche abgebrannt. Um den Wiederaufbau zu finanzieren, werden noch im Sommer drei Sondersteuern unter den Bürgern erhoben. Die Hansestädte Lübeck, Bremen, Hamburg sowie Lüneburg und Rostock erhalten Bittschreiben zur finanziellen Unterstützung. Insgesamt können 6.000 Reichstaler in den Städten, vor allem durch die Tätigkeit der Kirchen, gesammelt werden. Zum Schutz vor zukünftigen Katastrophen wird 1660 eine neue Feuerordnung erlassen. Kurz danach beginnt der Wiederaufbau. Bereits 1661 wird der Tretkran erneuert, 1667/68 das neue Rathaus gebaut.

„Aber Ach, Ach! Wie hat sich die Stadt nun verendert; Wie viel ist nun davon weg und verlohren! Wie liegt sie nun so wüste, die voll Kirchen und Häuser war.”

Beschreibung des Stader Pastors Jacob Hackmann 1661